6.7. Импорт и экспорт поверхностей, масок сегментированных структур и маркеров

6.7 Импорт и экспорт поверхностей, масок сегментированных структур и маркеров

6.7.1 Настройка параметров экспорта

____________________________________________________________________________________________

Функциональность доступна в редакции «Pro»
____________________________________________________________________________________________

Чтобы настроить параметры экспорта, нажмите на кнопку «Параметры» на панели сегментрованных структур и выберите пункт «Параметры экспорта/импорта...». В открывшемся диалоговом окне (рис. 6.14) настройте параметры экспорта:

• чтобы переместить опорную точку (точку, относительно которой происходит деформация модели в редакторах векторной графики) в геометрический центр, установите флаг «Начало координат в центре модели». Флаг по умолчанию снят;

• чтобы учесть при экспорте координаты пациента, установите флаг «Использовать координаты пациента при экспорте и импорте поверхности». Координаты точек маркеров экспортируются в той же координатной системе, что и координаты поверхности. Флаг установлен по умолчанию;

• выберите единицы измерения координат. Настройка влияет на экспорт поверхности и маркеров. По умолчанию выбраны миллиметры. При использовании метров в качестве единиц измерения значения экспортируемых координат уменьшаются в тысячу раз;

• в блоке «Маркеры» выберите из списка тип экспортируемых маркеров. По умолчанию выбраны все типы. Если информация о маркерах экспортируется в файл формата .csv, отметьте флагами экспорт дополнительных полей маркеров (текст, размер маркера и его цвет) в файл.

Нажмите «OK», чтобы применить изменения, или «ОТМЕНА» для отмены.

6.7.2 Экспорт поверхности

____________________________________________________________________________________________

Функциональность доступна в редакции «Pro»
____________________________________________________________________________________________

Настройте параметры экспорта поверхностей в диалоговом окне «Параметры экспорта/импорта» (см. раздел 6.7.1).

Чтобы экспортировать поверхность сегментированной структуры, выполните:

1. На панели сегментированных структур выделите поверхность, которую нужно экспортировать.

2. Вызовите выпадающее меню с вариантами экспорта одним из двух способов:

   • нажмите на кнопку «Экспорт» на панели сегментированных структур и в выпадающем меню выберите тип экспорта;

   • наведите курсор мыши на структуру в списке, щёлкните правой кнопкой мыши, выберите в контекстном меню пункт «Экспорт» и в выпадающем меню выберите тип экспорта.

Доступно три варианта экспорта поверхности:

• «Экспорт выделенной поверхности». Экспортируется только текущая выделенная поверхность. Экспорт доступен в файл формата .ply, .obj, .stl или .glb. В открывшемся диалоговом окне выберите тип файла и сохраните поверхность;

• «Экспорт видимых поверхностей». Экспортируются все видимые поверхности, для которых включена видимость на панели сегментированных структур. Экспорт доступен только в файл формата .glb;

• «Экспорт всех поверхностей». Экспортируются все поверхности из панели сегментированных структур. Экспорт доступен только в файл формата .glb.

Если экспорт выполняется для нескольких слоёв, то сохраняется следующая иерархия расположения: на первом уровне располагаются слои (с названием соответствующей им серии), а на втором — поверхности. При экспорте поверхностей с одного слоя сохраняется один уровень иерархии — поверхности.

Для каждой поверхности сохраняется название, цвет вершин и прозрачность. При экспорте нескольких поверхностей сохраняется их взаимное расположение, которое совпадает с взаимным расположением в DICOM-Просмотрщике на момент экспорта.

При печати поверхности на 3D-принтере необходимо учитывать, что поверхность имеет погрешности по следующим причинам: Точность поверхности зависит от размера вокселя и не может быть выше, чем размер вокселя. Границы маски структуры, для которой строится поверхность, определяются в том числе цветовой таблицей для исходного объёма. Неправильный выбор цветовой таблицы может сделать невидимыми нужные ткани и, наоборот, сделать видимыми лишние ткани. Граница между тканями разной плотности достаточно размытая из-за физических основ сканирования тканей. Погрешность может составлять несколько вокселей. На точность построения поверхности влияет сглаживание и количество треугольников.

6.7.3 Настройка параметров импорта

____________________________________________________________________________________________

Функциональность доступна в редакции «Pro»
____________________________________________________________________________________________

Чтобы настроить параметры импорта, нажмите на кнопку «Параметры» на панели сегментированных структур и выберите пункт «Параметры экспорта/импорта...». В открывшемся диалоговом окне (рис. 6.16) отметьте флагами:

• чтобы учесть при импорте координаты пациента, установите флаг «Использовать координаты пациента при экспорте и импорте поверхности». Координаты точек маркеров импортируются в той же координатной системе, что и координаты поверхности.. Флаг установлен по умолчанию;

• выберите единицы измерения координат. Настройка влияет на импорт поверхности и маркеров. По умолчанию выбраны миллиметры. При использовании метров в качестве единиц измерения значения импортируемых координат уменьшаются в тысячу раз;

• чтобы совместить при импорте центры импортируемой поверхности и модели, установите флаг «Поместить в центр модели». По умолчанию флаг снят;

• чтобы при импорте поверхности в формате (stl) объединить вершины треугольников, установите флаг «Объединять вершины при импорте из STL». Флаг установлен по умолчанию;

• в блоке «Маркеры» выберите из списка тип импортируемых маркеров. По умолчанию выбраны все типы. Если информация о маркерах импортируется из файла формата .csv, отметьте флагами импорт дополнительных полей маркеров (текст, размер маркера и его цвет) из файла.

Нажмите «OK», чтобы применить изменения, или «ОТМЕНА» для отмены.

6.7.4 Импорт поверхности

Настройте параметры импорта поверхностей в диалоговом окне «Параметры экспорта/импорта» (см. раздел 6.7.3).

Внимание! При импорте поверхности укажите в диалоговом окне настроек импорта единицы измерения координат, которые были указаны при экспорте.

Импорт поверхностей может быть выполнен двумя способами:

• нажмите на кнопку «Импорт поверхности(ей)» , в открывшемся диалоговом окне выберите файлы и нажмите «Открыть»;

• наведите курсор мыши на структуру в списке, щёлкните правой кнопкой мыши, выберите в контекстном меню пункт Импорт->Импорт поверхности(ей)... и в открывшемся диалоговом окне выберите файлы и нажмите «Открыть».

Имя импортированной поверхности, как и любой структуры без маски структуры, отображается курсивом. На рис. 6.17 показана импортированная поверхность Surface_example-1. Изменение числа треугольников в импортированной поверхности невозможно.

Чтобы переместить импортированную поверхность вручную, активируйте инструмент «Позиционирование поверхности» на панели сегментированных структур левой, правой или средней кнопкой мыши. Для дальнейшей работы с инструментом используйте ту кнопку, которой был активирован инструмент. Подробнее об управлении инструментами см. в разделе 1.14. Удерживая нажатой кнопку мыши, которой был активирован инструмент, перемещайте поверхность в плоскости экрана.

Для масштабирования поверхности перемещайте вверх-вниз мышь с нажатой кнопкой, которой был активирован инструмент, удерживая клавишу Ctrl (Command для macOS).

Для вращения поверхности относительно её центра перемещайте мышь с нажатой кнопкой, которой был активирован инструмент, удерживая клавишу Alt (Option для macOS).

Для создания сегментной структуры по поверхности наведите курсор мыши на импортированную поверхность в списке сегментированных структур, щёлкните правой кнопкой мыши и выберите в контекстном меню пункт «Создать маску по поверхности».

6.7.5 Экспорт структуры в текущее исследование

6.7.6 Экспорт структуры в DICOM RT

1. На панели сегментированных структур выделите структуру, маску которой нужно экспортировать в DICOM RT.

2. Вызовите выпадающее меню с вариантами экспорта (рис. 6.18) одним из двух способов:

   • нажмите на кнопку «Экспорт» на панели сегментированных структур и в выпадающем меню выберите тип экспорта в DICOM RT;

   • наведите курсор мыши на структуру, маску которой нужно экспортировать, щёлкните правой кнопкой мыши, выберите в контекстном меню пункт «Экспорт» и в выпадающем меню выберите тип экспорта в DICOM RT.

Доступно три варианта экспорта маски в DICOM RT:

• «Экспорт выделенной маски в DICOM RT...». Экспортируется только маска текущей выделенной структуры;

• «Экспорт видимых масок в DICOM RT». Экспортируются все видимые маски структур, для которых включена видимость на панели сегментированных структур;

• «Экспорт всех масок в DICOM RT». Экспортируются все маски структур из панели сегментированных структур.

В открывшемся диалоговом окне «Экспорт в DICOM RT» (рис. 6.19) добавьте описание экспортируемой RTSTRUCT-серии. По умолчанию описание серии «Сегментация».

Нажмите «OK», чтобы экспортировать маску структуры, или «ОТМЕНА» для отмены.

Экспортированная маска структуры сохраняется в локальное хранилище в виде новой серии с модальностью «RTSTRUCT». Миниатюра новой серии добавляется к текущим на панели серий.

Если серия многофазная, то маска структуры экспортируется только для текущей фазы. Если при экспорте ни одна маска не была экспортирована, например, под маской редактирования не виден ни один воксель, выводится сообщение об ошибке экспорта.

6.7.7 Импорт структуры из DICOM RT

В диалоговом окне «Импорт из DICOM RT» (рис. 6.20) выберите структуру, маску которой нужно импортировать, установив переключатель возле имени структуры.

Нажмите «OK», чтобы импортировать маску структуры, или «ОТМЕНА» для отмены.

В блоке «Структуры для импорта» диалогового окна (рис. 6.21) установите флаг возле структуры, маску которой желаете импортировать. Чтобы импортировать все маски из списка, установите флаг в верхнем поле. По умолчанию флаги не установлены.

Из выпадающего списка «Интерполяция» в блоке «Вокселизация» выберите вариант интерполяции для сегментации по контурам. Возможные варианты интерполяции:

• Линейная;

• Эрмитовым сплайном (установлена по умолчанию).

Выбранный вариант интерполяции отображается при последующем открытии диалога выбора структур.

Нажмите «OK», чтобы импортировать маску структуры, или «ОТМЕНА» для отмены.

6.7.8 Экспорт маркеров и маркеров сегментированных структур

Подробная информация о маркерах изложена в разделе 5.12, о маркерах сегментированных структур — в разделе 6.8.5.

Чтобы экспортировать маркеры, выполните следующие действия:

1. Настройте параметры экспорта маркеров в диалоговом окне «Параметры экспорта/импорта» (см. раздел 6.7.1).

   При экспорте маркеров в формат .json необходимо в диалоговом окне настроек экспорта выбрать состояние флага использования координат пациента, указать единицы измерения координат и тип маркеров, которые должны быть экспортированы. При экспорте маркеров в формат .csv необходимо выбрать состояние флага использования координат пациента, указать единицы измерения координат, параметры (текст, размер, цвет) и тип маркеров, которые должны быть экспортированы.

   В зависимости от выбранного типа маркера в качестве размера в файлах экспорта указывается радиус маркера в миллиметрах или толщина линии в пикселях.

2. Нажмите кнопку «Экспорт» на панели сегментированных структур.

3. В выпадающем меню выберите команду «Экспорт маркеров...». Команда недоступна, если отсутствуют маркеры соответствующего типа, указанные в диалоговом окне настройки экспорта (см. раздел 6.7.1).

4. В открывшемся диалоговом окне выберите директорию, в которую нужно сохранить файл. Отредактируйте имя файла и выберите его тип: .csv или .json. Нажмите «Сохранить» для сохранения или «Отмена» для отмены.

Маркеры, экспортированные с модели для объединённой серии, экспортируются в файлы формата .csv и .json в координатах базового слоя.

Чтобы экспортировать маркеры сегментированной структуры, выполните следующие действия:

1. На панели сегментированных структур щёлкните правой кнопкой мыши по структуре, маркеры которой нужно экспортировать.

2. В контекстном меню выберите пункт «Экспорт» -> «Экспорт маркеров...». Пункт меню недоступен, если в выбранной структуре отсутствуют маркеры сегментированных структур.

   	При экспорте маркеров сегментированных структур необходимо в диалоговом окне настроек экспорта выбрать состояние флага использования координат пациента и указать единицы измерения координат. В файлы формата .json или .csv экспортируются только координаты маркеров сегментированных структур в указанных в настройках координатах и единицах измерения.

3. В открывшемся диалоговом окне выберите директорию, в которую нужно сохранить файл. Отредактируйте имя файла и выберите его тип: .csv или .json. Нажмите «Сохранить» для сохранения или «Отмена» для отмены.

6.7.9 Импорт маркеров и маркеров сегментированных структур

1. Настройте параметры импорта маркеров в диалоговом окне «Параметры экспорта/импорта» (см. раздел 6.7.3).

   При импорте маркеров из файла формата .csv в диалоговом окне настроек импорта необходимо выбрать состояние флага использования координат пациента, указать единицы измерения координат, параметры (текст, размер, цвет) и тип маркеров, которые были указаны при экспорте. Если в импортируемом файле обнаруживаются лишние или недостающие параметры маркеров, операция импорта прерывается. При импорте маркеров из файла формата .json необходимо выбрать состояние флага использования координат пациента и указать единицы измерения координат, которые были указаны при экспорте.

2. Щёлкните правой кнопкой мыши на базовом объёме или его дочернем элементе на панели сегментированных структур и в контекстном меню выберите пункт «Импорт» -> «Импорт маркеров...».

3. В открывшемся диалоговом окне выберите файл, который необходимо импортировать. Нажмите «Открыть» для импорта или «Отмена» для отмены.

Маркеры, экспортированные с модели для объединённой серии, не импортируются обратно на слои, с которых они были экспортированы. При импорте из файла формата . json на выбранный слой координаты маркеров с других слоёв преобразуются в соответствии с матрицей трансформации выбранного слоя. При попытке импорта маркеров на слой, для которого такая матрица отсутствует, отображается диалоговое окно с предупреждением о некорректности импорта. При импорте из файла формата .csv преобразование координат не выполняется и маркеры импортируются на выбранный слой без трансформации.

	Импорт маркеров для объединённой серии из файла .csv должен выполняться при полной уверенности пользователя в корректности выбора слоя и совпадении координатных систем.

Чтобы импортировать маркеры сегментированной структуры, выполните следующие действия:

1. Щёлкните правой кнопкой мыши на выбранном элементе списка сегментированной структуры на панели сегментированных структур и в контекстном меню выберите пункт «Импорт» -> «Импорт маркеров...».

   	При импорте маркеров сегментированных структур в диалоговом окне настроек импорта необходимо выбрать состояние флага использования координат пациента и указать единицы измерения координат, которые были указаны при экспорте. Из файлов формата .json или .csv импортируются только координаты маркеров сегментированных структур.

2. В открывшемся диалоговом окне выберите файл, который необходимо импортировать. Нажмите «Открыть» для импорта или «Отмена» для отмены.